戦争で亡くなられた戦没者の霊たちは、敵を憎む気持ちや、国や家族を守りきれずに死んでいく無念の思いや、死に対する恐怖など、荒んだ心を持ったまま亡くなり、そして死後もその心のままでおられました。
　多くの戦没者の霊が亡くなった時の心のままで苦しんでおられるということは、たんに御霊が苦しんでおられるだけではなく、その苦しみから逃れたい、救われたいという気持ちで、自分によく似た心を持った、他と敵対したり、闘争心の旺盛な気持ちでいる人たちに憑いて行動するという形に現れました。
　昭和四十年代、日本の社会が騒然としていた時期に頻発した事件や事故の心的な原因に、戦没者の御霊が鎮まっていないことがある。
「戦没者の慰霊をおろそかにすれば国は乱れる」ということが分かり、教団を挙げて戦没者の慰霊に取り組むことになり、その初めに万国戦没者慰霊殿が建立されました。
　慰霊殿が建立されたことで、戦没者の霊を慰霊する態勢が整い、これによって亡くなった時の心のまま戦地にとどまっておられる戦没者の御霊を、現地に出向いて「招霊」（故国にお迎え）するため戦没者慰霊戦跡巡拝をしました。

戦跡巡拝をしたのは次の所です。
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昭和五十年　　沖縄、
昭和五十一年　中部太平洋（グアム
　　　　　　　サイパン・コロール諸島）
昭和五十二年　硫黄島
昭和五十三年　フィリピン
昭和五十四年　ニューギニア、
昭和五十五年　タイ・ビルマ・シンガポール
平成三年三月　台湾、　八月　韓国、
平成四年八月　中国、　十月　ロシア、
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　これより先、昭和三十八年から戦没者慰霊祭を行っていましたが、またこれに並行して、戦没者の霊を慰霊殿に迎えるため、昭和五十一年から平成六年まで「戦没者招霊式」を行いました。
　自然社の戦跡巡拝は遺骨の収集や現地に慰霊碑を建てるというような、目に見え、形のあることをするのではなく、戦没者の霊をお連れして帰り、万国戦没者慰霊殿に迎え入れて、うづのめの大神様のお救いを頂かれて、霊としての自由なお働きができるよう鎮まっていただくことを、慰霊の目的としています。

　平成六年、戦没者の御霊たちにとって五十年祭という節目を迎えるにあたり、霊たちは「忘れないで、清らなる祈りを」と伝えてこられました。
　これを受けて以後は毎月十五日に慰霊の祈念をしています。